1. 新教和天主教都承認耶穌基督為唯一的救贖道路,，都認為“因信稱義”。所謂“因信稱義” 有廣義和狹義之分,。廣義指信仰得到救贖和在神面前得到稱義的必要條件,，此為所有正統(tǒng)教派所信奉,。狹義指新教尤其是馬丁路德關(guān)于如何得救的教義,。馬丁路德從保羅的《羅馬書》中的因信稱義的觀點引申出信徒可以由于信仰神而直接成為義人，不再受功德律的支配,，他們通過自己的信仰而與基督建立了新的關(guān)系,。靈魂的得救不是教會的工作，是神把恩賜給了他的信仰者,。因此,，信徒不必依靠教會極其繁瑣的宗教禮儀，只憑對神虔誠信仰就可以得到靈魂的拯救,。而天主教認為除了靠信德（信心）之外,，還需遵循神的旨意行善工，行圣事,，以及不斷向神長懺悔得到救贖,。新教的牧師一般只作為靈性的指導者，并無赦罪權(quán)柄,，而天主教神長都握有神權(quán),，能赦免信徒的罪過。
2. 在天主三位一體的基本教義上,，天主教完全信奉,。新教所有的正統(tǒng)教派接受信奉，有的異端教派如唯一神派和耶和華見證人派則予以否認,。關(guān)于七件圣事,，天主教都一一遵行?；浇坛ス珪?，其他教派基本只奉行圣洗圣事。對圣體圣事,，他們則稱之為圣餐,。至于對其他圣事，如堅振,、彌撒圣祭,、告解、病人傅油〔終傅〕,、圣秩,、婚配等圣事都不同程度地不認可。
至于婚姻，天主教拒絕任何形式的離婚,，而新教則許可在某些特定原因上的離婚,，如奸淫等，但仍然要求能挽留的盡量挽留,。
天主教的有品級的神職人員以及發(fā)了三愿的修女都要持守獨身,，一生不婚，奉獻給天主,。而新教無此規(guī)定,，除明確有獨身呼召的某些信徒外，都可自由建立家庭,。
3. 關(guān)于教義,，天主教認為教義的來源有二，即圣經(jīng)和圣傳,，稱為信德寶庫,。新教各教派只承認圣經(jīng)為教義唯一根源，將教會傳統(tǒng)至于圣經(jīng)之下,。
4. 新教和天主教的《圣經(jīng)》在舊約卷數(shù)上有所不同,。新教為39卷，天主教為46卷,。主要的爭議在于《次經(jīng)》的地位,。所謂次經(jīng)是指幾部存在于希臘文七十士譯本但不存在于希伯來文圣經(jīng)的著作。次經(jīng)的權(quán)威地位,，教會中存在兩種意見,。奧古斯丁認為次經(jīng)是圣經(jīng)的一部分。而哲羅姆（一譯：耶柔米）認為次經(jīng)在權(quán)威上不及希伯來圣經(jīng),，只能用作信徒道德的教化,，而不能作為信仰的依據(jù)。這兩種觀點在中世紀一直爭論不休,。宗教改革時,，馬丁路德追隨哲羅姆的觀點認為次經(jīng)缺乏信仰權(quán)威，只是有益的讀物,，將其從正典中去除,。新教教會繼承路德的主張，形成39卷的舊約,。1546年,，天主教的特蘭托會議正式定次經(jīng)為正典，視其為“神圣的經(jīng)典”應受到“相應的信仰與尊重”,。從此天主教確定了46卷的舊約,。（天主教收錄的次經(jīng)包括：巴路克、多俾亞傳、友弟德傳,、智能篇,、德訓篇、瑪加伯上及瑪加伯下等七卷以及但以理書,、以斯貼記的補篇）,。
5. 天主教有洗禮、堅振,、圣體（即：圣餐）,、婚配,、告解（向神長懺悔赦罪）,、圣秩（也稱神品）、終傅等七件圣事,。而新教僅基本上只保留了圣餐和洗禮兩件圣事,。而且在圣餐的理解上有很大不同。
天主教認為在舉行圣餐時,，經(jīng)過神父祝圣的餅和葡萄汁會化質(zhì)為耶穌基督的實體實血,。基督用他的身體和寶血真正地,、實在地,、體質(zhì)地與餅和葡萄汁融合而一。因此被稱為“圣體血”,。這是變質(zhì)說,。
而馬丁路德認為是同體說。慈運理僅認為餅和葡萄汁只是對耶穌基督救贖的紀念,，并非神秘儀式,。而加爾文則主張“屬靈的同在”。
此外,，舉行圣餐時,，新教徒都可領(lǐng)取杯餅，而天主教普通信徒在多數(shù)的彌撒中只能領(lǐng)取圣體（餅）,。
6. 在信仰內(nèi)容及教務行政上,，世界各國天主教會信奉同一教義，認信“唯一至圣從宗徒傳下來的教會”,，并認為教宗在作為教會眾牧之長,，行駛教宗權(quán)頒布信理之時是準確無誤的。
新教各教派則不然,，在教義及圣事上雖然有牧師,，主教，長老教導教會，但不承認他們沒有錯誤,。一切以圣經(jīng)為準,。
7. 對耶穌基督的母親瑪利亞，天主教極其敬禮,。天主教認為她是耶穌的母親,，她養(yǎng)育了耶穌，當耶穌代人贖罪受苦受難時,，她在精神上分擔了耶穌的痛苦,。耶穌基督都很敬愛她，我們作基督信徒的,，對她也該予以尊敬,。且因為圣母瑪利亞擁有許多美德，如服從上帝,、謙卑自下,、忍耐寬仁、慈善助人等,，是為人處世的榜樣,，值得我們效法敬重。天主教恭敬圣母瑪利亞,，認為藉著她與眾圣徒的代求,。我們可以蒙天主的垂聽。
而新教對馬利亞僅僅是敬重,，不認可她是無染原罪的天后,，也反對圣徒代求的教義。
8. 天主教許可在教堂或教友家中供奉圣像（比如：耶穌,、天使,、圣徒的圣像），供信徒瞻仰敬禮,。圣像起源于中世紀,，由于當時教育不普及，文盲很多,，不少人無法讀經(jīng),。因此，教會供奉圣像,，使信徒通過它明白圣經(jīng)的故事,。天主教認為，供奉圣像不是偶像崇拜,，并非讓人尊敬該像本身,，而是助人引發(fā)睹像思人之心,，比如目睹耶穌苦像，內(nèi)心就會想起耶穌被釘死在十字架上代人贖罪之大恩,。
新教以十誡中“不可雕刻偶像”為依據(jù),，反對供奉圣像，認為是偶像崇拜,。新教教堂一般只設十字架標志,。
9. 天主教的彌撒較為復雜，除此之外還有很多儀式,。而新教主日禮拜則除開圣公會外,，大多比較簡單。
新教尤其是華人教會一般只紀念圣誕,、受難,、復活等節(jié)日，天主教除此之外對于圣神降臨節(jié)等許多節(jié)期也很看重,。
天主教有隱修制度,，新教沒有。
天主教將一些信德表率冊封為圣徒,，并以其為代求者，新教無此教義,，認為人人皆祭司皆圣徒,。
新教教堂一般比較簡約，而天主教教堂則富麗堂皇,。
天主教都有朝圣活動,，新教則無。
在中國,，關(guān)于祭祖,，天主教認為慎終追遠、發(fā)揚先祖的美德,，在一些時候舉行祭祖典禮,，遵循天主十戒第四戒。新教反對祭祖典禮,，認為是崇拜偶像,。一般行鞠躬禮。
10. 關(guān)于創(chuàng)造宇宙萬有的真神主宰之名稱,，天主教方面,，當明朝末年利瑪竇神父剛到中國傳教時，曾用中國經(jīng)書上所用之“天”或“上帝(特指天帝,，即玉皇大帝)”之名,，以后改用“天主”之名,。基督教方面則用“上帝”之名,，為了區(qū)別于中國的某些稱呼,，也以“神”之名稱。關(guān)于天主三位一體中之第三位,，天主教從圣經(jīng)原文譯為“圣神”,，基督教方面則譯為“圣靈”。圣經(jīng)上有許多人名或地名,，由于音譯之故,，天主教與基督教所譯者，有的相同,，有的不相同,。不同者頗多，茲略舉數(shù)則：地名方面,，耶穌誕生之地,，天主教譯為白冷，基督教則譯為伯利恒,。耶穌成長之家鄉(xiāng),，天主教譯為納匝肋，基督教則譯為拿撒勒,。人名方面,，耶穌的宗徒如伯多祿、保祿,、瑪竇,、馬爾谷和若望，是天主教按拉丁文所譯者;基督教方面則按英文譯為彼得,、保羅,、馬太、馬可及約翰,。其他不同譯名尚多,，茲不多贅。
11.煉獄指的是天堂與地獄之間的地帶,。天主教根據(jù)次經(jīng)《馬加伯傳下》12章40-45節(jié)的記載確立了煉獄存在的理論,。認為人死后必須經(jīng)歷精煉，將人身上的罪污加以凈化,，才能升入天堂,，按教會傳統(tǒng)人類存在七大罪過，在煉獄對自己的過錯懺悔,，使靈魂得到洗滌,。但丁在《神曲》中就描繪了中世紀人們的煉獄觀念,。天主教徒將為亡者禱告視為一種功課。馬丁路德覺得煉獄說在《圣經(jīng)》中的證據(jù)不充分,，又認為煉獄說是為教會兜售“贖罪卷”提供理論支持,，造成腐敗，因而斷然否認煉獄的存在,，強調(diào)靈界只有天堂和地獄兩個世界,，并無中間地帶，人的歸宿僅在于是否“因信稱義”,。之后的新教教會繼承了路德的觀點,，否定煉獄的存在，認為替死人禱告無益,。
12.新教與天主教最大的差異當首推中保論,。中保在希伯來語中為 “中間人”，指的是神與人之間交流的通道,。人因犯罪而與神隔離,，神為了與人修復關(guān)系親自設立了中保。在舊約時代,，神呼召摩西,、以利亞等祭司、先知作為中保,，引導以色列人認識神,，求神赦免人的罪過，并傳遞神的旨意,。圣子耶穌基督道成肉身，經(jīng)歷十字架受難,，以及死后復活真正完成了神的計劃,。通過耶穌的降生、代死,、復活,，神和人的隔閡已完全修復了，神人關(guān)系從此和好,。升天后的耶穌基督成為人類的中保,，為人類代求。使徒保羅指出：“在神與人中間,，只有一位中保,，乃是降世為人的基督耶穌。”（提前2:5）新教認為,，信徒只要信靠耶穌基督,，專一仰望他就能與神溝通,，不需要通過任何天使或圣徒。而天主教則認為,，人除了基督作為中保外,，還需要加上圣母。天使以及眾圣徒的代求和轉(zhuǎn)禱,，所謂“分享了中保地位”,。
他們根據(jù)次經(jīng)《多俾亞傳》12章12節(jié)天使拉斐爾的代求以及《馬加伯傳下》15章14節(jié)先知耶利米的代禱確立了理論基礎。在所有圣徒中,，圣母瑪利亞地位最為崇高,。天主教并未將瑪利亞視為神，但認為瑪利亞是天主特別為耶穌道成肉身而派到人間的,，她無染原罪,，。迦拿婚宴則說明瑪利亞有為世人代求的能力,，她可以為世人祈求赦罪,。她還是人類服從的代表, 和夏娃的悖逆正好相反。同時認為瑪利亞的崇高德行為教會,、信徒的楷模,。又因其信德、愛德及與基督完美結(jié)合,，成為教會的預表,。
而新教對于馬利亞的信望愛值得尊敬，是圣徒之榜樣,，但不認可敬禮和代求,。